Михаил Бородько является воспитанником красноярского футбола. Вратарь начинал свою карьеру во второй команде "Енисея". Затем Михаил выступал за новокузнецкий "Металлург", иркутский "Байкал", ФК "Уфа" и нижегородские "Олимпиец" и "Нижний Новгород".
24-летний голкипер защищал ворота молодежной сборной России в отборочных матчах Чемпионата Европы U-21 и Кубке Содружества.